La selección oficial de Ventanas 2006 incluyó 27 trabajos, de los cuales 12 estuvieron participando en la categoría de Documental, 8 en la de Ficción y 7 en Otros Formatos. En esta

ocasión los videos fueron realizadas por los estudiantes de la Universidad Autónoma de Occidente, Universidad Autónoma del Caribe, Universidad Católica Popular de Risaralda, Fundación Lumiere, HjbK Hamburg, Politécnico Grancolombiano, Universidad Católica de Argentina, Universidad Central, Universidad Cooperativa de Colombia, Universidad de Medellín, Universidad del Magdalena, Universidad del Valle, Universidad Javeriana, Universidad Manuela Beltrán, Universidad Nacional, Universidad Santo Tomás.

Además en el año 2006 por primera vez participaron en la Muestra los trabajos de publicidad, sobre todo los spot publicitarios.

En el año 2006 los jurados del audiovisual fueron Pepe Sánchez (actor, guionista, director y realizador de radio, teatro, televisión y cine), Priscila Padilla (documentalista), Felipe Moreno (realizador del programa El Espejo – Canal Capital).

El jurado de radio en esta ocasión estuvo conformado por la comunicadora social y profesora javeriana, María Alexandra Cabrera, productora radial, productora de radio arte y productora de Naciones Unidas; y Manuel Carreño, ex-presentador de La Silla Eléctrica, programa estelar de Radiónica 99.1 FM quienes evaluaron unos 50 programas preseleccionados por un comité de profesores y estudiantes de último semestre de los 193 productos recibidos al cierre de la convocatoria.